复旦大学金融研究院成立于2001年，是国内高校中第一家跨学科综合性金融研究教育机构。金融研究院在中国人民银行总行支持下成立，旨在整合复旦大学经济学院、管理学院、数学系和计算机系等多院系金融研究力量，以适应现代金融学科交叉化、工程化、数量化趋势而组建的跨学科金融研究教学平台，并由时任中国人民银行行长戴相龙担任名誉院长。首任院长为复旦大学副校长郑祖康教授，常务副院长为复旦大学应用经济学博士后流动站站长姜波克教授，副院长为陈学彬教授。2009年学校进行管理体制调整，将金融研究院并入经济学院。

金融研究院自成立以来，在推动学科建设、师资队伍建设、科学研究、研究生培养和对外交流等方面均取得了巨大进步，研究范围覆盖国际金融、货币银行、数理金融、金融市场与投资、金融风险管理等领域，其中对中国货币市场建设、人民币资本账户可兑换、人民币均衡汇率、资本资产定价、金融风险管理与金融监管等中国经济金融发展领域的重大理论和实践问题研究取得了重要突破，形成了一批紧扣时代需求的标志性成果，对国家金融改革与发展产生了重要影响。近20年来，金融研究院的研究人员承担了国家级重大和重点项目、国家自科和国家社科等国家级项目40多项，省部级项目80多项，中央和地方政府、企业决策咨询项目60多项，相关资政报告受到国家领导人批示5项、获省部级领导批示和录用20多项。在Journal of Econometrics、Journal of Banking and Finance等国际顶尖经济金融学期刊和《经济研究》、《管理世界》、《金融研究》等国内权威经济金融学期刊发表论文120多篇，在国内外经济金融学界产生了较为重要的影响。培养了博士100多人、硕士1000多人、博士后170余人（包括校内培养和企业联合培养），为我国金融业的发展培养了一批优秀专业人才。

目前复旦大学金融研究院有专职研究人员19人，其中教授6人、副教授9人，讲师4人。